微生物在人體裏無處不在。大部分的微生物都分佈在口腔到肛門的消化道。在多種生理因素的影響下，腸道微生物群於腸胃道分佈的區域會有所不同。這些因素包括pH值、消化道的流速（在口腔迅速到盲腸變慢）、基質可用性 （substrate availability）和宿主分泌物。胃中的低pH值、快速的轉運時間以及小腸中膽汁酸的分泌導致這些區域的菌群密度降低。反之，大腸的特徵是流速緩慢，以及其適合菌群生活的pH值（中性到輕度酸性），令其可容納總菌群中99％的微生物，而且盲腸至直腸的菌群成分變化極小。

主要腸道微生物群在早期已經形成（4到36個月），腸道微生物群的成熟狀態是根據腸型、出生胎齡、分娩類型、餵奶方法、斷奶期、生活方式、飲食和文化習慣發展而來的。三歲後，腸道微生物群的結構和成分會相對保持穩定。在早期已經形成的腸道微生物群的豐度和多樣性會幫助身體組成健康的腸道菌群，擁有更豐富和更多樣化微生物群的個體更能承受外部壓力和病理攻擊。另外，腸道微生物群在消化、營養穩態、免疫、內分泌、代謝和神經心理功能方面仍起著重要的結構和生理作用。