人體的微生物絕大多數集中於腸道。腸道菌從食物獲取能量，產生神經傳遞物質、酶、短鏈脂肪酸和維他命。腸道菌在人體免疫系統的運作和代謝功能中有重要角色。

怎樣才算是健康的腸道微生態？健康的人的腸道菌群組合各異，患有多種疾病或有某些健康狀況的人，其腸道菌群的組成與沒有病的人比較，存在差異。但在大部分個案中，未有證據顯示腸道菌群的變化會致病。