過去幾十年，高效能的 DNA 排序技術和先進的電腦運算技術大大推進了我們對人體微生物的知識。人體的消化系統、皮膚、陰道、口腔等不同部位都存在大量的微生物群。

微生態（microbiome） 是指在特定環境的微生物群與所處環境構成的生態系統。微生物群包含細菌、古菌、真核生物和病毒。而一般的微生態科學研究都聚焦於細菌。

已經有相當多的文獻指出，微生物群與人體健康和疾病息息相關。