腸道微生物生態除了促進血腦屏障 (blood brain barrier) 的正常功能外，還通過腸道內分泌系統、腸道下的免疫系統與神經系統，影響着我們的情緒和行為。都市人常見的情緒緊張、睡眠質素不佳等都與微生態失衡有關。
腸道微生物與腦部發育、過度活躍症、自閉症及情緒病有關。